ふるさと納税をしている会社員が株の利益で確定申告すると上限は変わる？ワンストップ特例が無効になる3つのケース

※本記事にはプロモーション（広告）が含まれています。

「ふるさと納税はワンストップ特例で済ませているけど、株の利益を確定申告したらどうなるの？」——山崎の副業相談室には、年末が近づくとこの質問が増えます。答えは2つに分かれます。申告した株の利益は控除上限の計算に入るので、上限は増える方向に動きます。その一方で、確定申告をした時点でワンストップ特例は無効になり、申告書にふるさと納税の寄附を書かないと控除そのものを受けられなくなります。

山崎正義は、投資で一発逆転を狙って300万円を失った経験があります。当時は税金の手続きを後回しにして、翌年に慌てることになりました。この記事では、ふるさと納税と株の確定申告が重なったときに上限がどう変わるか・ワンストップ特例がいつ無効になるか・申告書で何を書けばいいかの3点に絞って整理します。株の税金の全体像は株の税金入門｜特定口座（源泉徴収あり）なら確定申告は不要？で扱っているので、ここではふるさと納税との関係だけを掘り下げます。

結論：申告した利益だけが上限に入り、申告するならワンストップ特例は使えない

先に要点をまとめます。

• 上限が増えるのは「申告した利益」だけ：株の利益を確定申告すると、住民税の所得割額が増え、それを基準に決まるふるさと納税の控除上限も増えます
• 源泉徴収ありの特定口座で申告しない利益は上限に入らない：税金は証券会社経由で納めていても、住民税の所得割額の計算には含まれません
• 確定申告をするとワンストップ特例は無効：申請済みでも、確定申告書に寄附を記載しないと住民税の寄附金控除を受けられません
• 増え方は大きくない：株の利益にかかる住民税は5%なので、上限の増加は利益の額に比べてかなり小さくなります
• 申告には別の影響もある：扶養の判定や国民健康保険料などに影響する場合があり、上限を増やすためだけに申告するのは慎重に考える必要があります

つまり「株で儲かったからふるさと納税を増やそう」と考えるなら、その利益を申告するかどうかを先に決める必要があります。申告しないなら、上限は給与だけで計算したときのままです。

ふるさと納税の上限は何で決まるのか

ふるさと納税で自己負担2,000円を除いた全額が控除されるには、住民税の「特例控除」が上限の内側に収まっている必要があります。この特例控除の上限は、住民税の所得割額の2割です。所得割額が大きいほど上限も大きくなります。

控除の種類	どの税金から	上限との関係
所得税の寄附金控除	所得税	確定申告をした場合に使われる（ワンストップ特例では住民税でまとめて控除）
住民税の基本控除	住民税	寄附額から2,000円を引いた額の10%
住民税の特例控除	住民税	所得割額の2割が上限。これを超えた分は自己負担になる

株の売却益（上場株式等の譲渡所得）は、給与とは分けて税金を計算する「申告分離課税」です。住民税の税率は一律5%で、申告すればこの5%分が所得割額に加わります。所得割額は「給与などにかかる所得割」と「株の譲渡所得にかかる所得割」の合計なので、申告した株の利益はふるさと納税の上限を押し上げます。

総務省のふるさと納税ポータルサイト「税金の控除について」では、住民税の特例控除額を「（寄附額−2,000円）×（100%−10%（基本分）−所得税の税率）」とし、これが住民税所得割額の2割を超える場合は「所得割額×20%」とする計算式を示しています。ここでの所得税の税率は、個人住民税の課税総所得金額から人的控除差調整額を差し引いた金額で求めるもので、具体的な計算はお住まいの市区町村に問い合わせるよう案内されています（2026年10月時点）。

どのくらい増えるのか：目安の考え方

株の利益が100万円なら、住民税は5%で5万円です。上限の基準は所得割額の2割なので、特例控除の上限は約1万円増えます。寄附額に換算すると、給与所得者の場合でおおむね1万数千円程度の増加が目安になります。利益100万円で上限が100万円増えるわけではありません。

「利益が出たからその分ふるさと納税を増やせる」と大きく見積もると、上限を超えた分は自己負担になります。正確な上限は、給与・株の利益・各種控除を入れて、ふるさと納税サイトや自治体のシミュレーションで確認してください。

口座と申告の組み合わせで変わること

同じ株の利益でも、口座の種類と申告するかどうかで、上限とワンストップ特例の扱いが変わります。

口座と申告	上限の計算に入るか	ワンストップ特例
特定口座（源泉徴収あり）で申告しない	入らない	使える（ほかに確定申告の必要がなければ）
特定口座（源泉徴収あり）で申告する	入る	無効。申告書に寄附を記載する
特定口座（源泉徴収なし）・一般口座で申告する	入る	無効。申告書に寄附を記載する
NISA口座	入らない（非課税）	影響しない

源泉徴収ありの特定口座は、証券会社が税金を差し引いて納めてくれる口座です。申告しなければ手続きは終わりますが、その利益は住民税の所得割額の計算に入らないので、ふるさと納税の上限も増えません。口座の違いそのものは証券口座の選び方入門｜特定口座・一般口座・NISA口座の違いで整理しています。

なお、住民税は以前、所得税と異なる課税方式（所得税は申告して住民税は申告不要など）を選べましたが、現在は所得税と住民税で同じ方式に揃える扱いになっています。この見直しは令和4年度の税制改正によるもので、令和6年度分（令和5年分の所得）の個人住民税から適用されています（総務省資料・東京都北区の案内）（2026年10月時点）。

ワンストップ特例が無効になる3つのケース

ワンストップ特例は「確定申告をする必要がない会社員など」のための仕組みです。申請していても、次のような場合は確定申告をすることになり、特例は無効になります。

ケース	よくある状況	やること
1. 株の利益を申告する	源泉徴収なしの口座で利益が20万円を超えた、上限を増やすために源泉徴収ありの利益も申告した	確定申告書にすべての寄附を記載する
2. 株の損失を申告する	損益通算や損失の繰越控除を使うために申告する	同上。損失を申告すると所得割額が減り、上限が下がることもある
3. 株以外の理由で申告する	医療費控除、副業の所得、住宅ローン控除の初年度など	同上。株の申告と同じ申告書でまとめて書く

見落としやすいのは2つ目です。損失を翌年以降に繰り越すための申告は、税金が戻る話なので「ふるさと納税とは関係ない」と思いがちですが、確定申告であることに変わりはありません。損失の扱いは損益通算と繰越控除の基本で詳しく書いています。

また、確定申告だけでなく、市区町村への住民税の申告を寄附金控除を含めずに行った場合も、ワンストップ特例は無効になると自治体が案内しています。株の利益が20万円以下で所得税の申告をせず、住民税の申告だけをする人も、寄附の記載を忘れないでください。

5自治体を超えた場合も同じ

ワンストップ特例は、1年間の寄附先が5自治体以内であることが条件です。6自治体以上に寄附した場合は、株の申告と関係なく確定申告が必要になります。

確定申告書で寄附を書き漏らさない手順

ワンストップ特例を申請したあとで確定申告をするときは、その年のふるさと納税をすべて申告書に書き直すつもりで進めます。

1. 寄附の記録を集める：各自治体の寄附金受領証明書、またはふるさと納税サイトが発行する寄附金控除の証明書データを用意します
2. 株の書類を集める：証券会社の特定口座年間取引報告書を用意します
3. 第一表の寄附金控除に入力する：所得税の寄附金控除として、寄附の合計額を入力します
4. 第二表の住民税の欄に入力する：「住民税に関する事項」の「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄に、ふるさと納税の額を記入します。ここが空欄だと住民税の寄附金控除が受けられません
5. 翌年の住民税決定通知書で確認する：6月ごろ届く通知書の「寄附金税額控除」の欄に金額が入っているかを見ます

e-Taxや国税庁の確定申告書等作成コーナーを使う場合は、寄附金控除の画面でふるさと納税を入力すると第二表の欄にも反映される流れが一般的です。ただし画面の構成は年によって変わるため、提出前に第二表の欄を必ず確認してください。

上限を増やすために申告するかどうかの判断材料

源泉徴収ありの特定口座で利益が出た人は、「申告すれば上限が増える」ことだけで判断しないほうが安全です。申告によって所得が増えたと扱われ、ほかの制度に影響が出ることがあります。

確認すること	影響の内容
扶養	配偶者や親の扶養に入っている人は、申告した利益が所得に加わり、扶養の判定に影響する場合があります
国民健康保険料など	国民健康保険に加入している人は、申告した所得が保険料の計算に入る場合があります（会社の健康保険の保険料は通常、給与で決まります）
増える上限の額	上の目安のとおり、利益に比べて増える額は小さくなります
手間	ワンストップ特例が使えなくなり、寄附の記録をそろえて確定申告をする手間が増えます

扶養との関係は扶養に入っている人が株で利益を出したら扶養から外れる？で整理しています。会社員本人が会社の健康保険に加入していて、扶養にも関係しない場合は影響が小さいこともありますが、家族の状況によって変わります。

年の途中で上限を決め打ちしない

株の利益は、12月の最後の取引が終わるまで確定しません。年の途中で出ていた利益が、年末までの値下がりや損切りで小さくなることもあります。株の利益を当てにしてふるさと納税を増やすなら、利益が確定してから、少し余裕を残した額で寄附するほうが、上限超えの自己負担を避けやすくなります。

「節税になる株情報」には注意

年末になると、SNSや広告で「ふるさと納税と組み合わせて税金を減らせる」「年内に買えば得をする」といった投資話が目につくようになります。山崎正義が300万円を失ったときも、入口は「今だけ」「税金が得になる」という言葉でした。

ふるさと納税の上限は、あくまですでに出た所得から計算されるものです。「上限を増やすために株を買う」という発想は、順番が逆になっています。個別銘柄を勧めてくる人や、LINEのグループに誘導してくる人がいたら、まず投資詐欺の典型手口と見分け方を確認してください。

よくある質問

Q. 源泉徴収ありの特定口座で利益が出ました。何もしなくてもふるさと納税の上限は増えますか？

増えません。申告しない利益は住民税の所得割額の計算に入らないため、上限は給与などだけで計算した額のままです。上限に入れたい場合は確定申告が必要で、その場合はワンストップ特例が無効になります。

Q. ワンストップ特例の申請書を出したあとで確定申告をしたら、どうなりますか？

ワンストップ特例は無効になり、確定申告の内容で控除が計算されます。申告書にふるさと納税の寄附を記載していれば控除を受けられますが、記載していないと住民税の寄附金控除が受けられません。気づいた場合は、税務署や市区町村に訂正の方法を相談してください。所得税については、記載漏れで税金を多く申告していた場合、原則として法定申告期限から5年以内であれば、税務署に更正の請求書を提出して訂正を求められます（国税庁「No.2026 確定申告を間違えたとき」）（2026年10月時点）。

Q. 株で損失が出た年に、繰越のために確定申告をします。ふるさと納税への影響はありますか？

確定申告をするのでワンストップ特例は無効になり、申告書に寄附の記載が必要です。また、損失を申告すると所得割額が減る場合があり、その年の上限が下がることもあります。上限の計算は、損失を反映した状態で確認してください。

Q. NISA口座の利益はふるさと納税の上限に関係しますか？

関係しません。NISA口座の利益は非課税で、確定申告の対象にもならないため、住民税の所得割額にも入りません。

Q. 配当金を申告した場合も上限は変わりますか？

申告した配当所得も住民税の所得割額の計算に入るので、上限に影響します。配当の申告方式によって税率や扶養への影響が変わるため、配当の申告を考えている人は方式ごとの違いを確認してから決めてください。

山崎から一言

ふるさと納税と株の確定申告が重なったときのトラブルで一番多いのは、「上限を間違えた」ことよりも「申告書に寄附を書き忘れた」ことです。ワンストップ特例の申請書を出して安心していた人ほど、確定申告のときに寄附の記載を忘れがちです。株の利益でも損失でも、確定申告をする年は「ワンストップ特例は使えない」と覚えておいてください。

そして、上限を増やすことを目的に投資をするのは順番が逆です。まず生活に必要なお金を確保し、仕組みとリスクを理解してから、無理のない範囲で取り組みましょう。

本記事は一般的な情報提供を目的としており、特定の金融商品の勧誘や投資助言ではありません。投資判断はご自身の責任でお願いします。税金の取り扱いは個別の状況や法令の改正によって変わるため、具体的な判断は税務署・市区町村・税理士にご確認ください。

山崎の副業相談室（LINE・無料）

友だち追加は無料で、いつでもブロックできます。いま届いている勧誘が過去の事例と一致していないか、一緒に確認しましょう。

▶ LINEで山崎に相談する（友だち追加・無料）