年末調整で株の利益や損失はどう扱う？基礎控除申告書に株の利益を書くかと、損失を給与と相殺できない理由

2026年10月17日2026年10月20日

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こんにちは、YAMAZAKI JOB MEDIA編集長の山崎正義です。副業詐欺で300万円の借金を背負い、そこから復活する過程で130件以上の案件を調査してきました。

秋になると勤務先から年末調整の書類が届きます。株を始めた会社員からは、毎年この時期に同じ質問を受けます。「基礎控除申告書の『給与所得以外の所得』の欄に、株の利益を書く必要はありますか」「今年は株で損をしたので、年末調整で給与の税金から差し引いてもらえませんか」というものです。

山崎正義は、投資で一発逆転を狙って300万円を失いました。当時は税金の仕組みも知らないまま取引していて、損をした年に「せめて税金が戻らないか」と調べ、何もできないとわかって落ち込んだ記憶があります。この記事では、国税庁が公表している令和8年分の年末調整の資料をもとに、年末調整と株の関係・申告書への書き方・確定申告すると基礎控除が変わるケース・損失の扱いの順に整理します。

株の利益が20万円以下のときに確定申告がいるかどうかは株の利益が20万円以下なら確定申告は不要？で、家族の株の利益と扶養の関係は扶養に入っている人が株で利益を出したら扶養から外れる？で説明しています。この記事は会社員本人の年末調整に絞ります。

結論：株は年末調整の外。ただし「確定申告するかどうか」で基礎控除が変わることがある

先に要点をまとめます（2026年10月17日時点で国税庁の公表資料から確認できた内容です）。

年末調整で精算するのは給与の税金だけ：株の利益・配当・損失は、年末調整の計算に入りません
特定口座（源泉徴収あり）で、確定申告しない利益は見積額に入れない：申告しないことを選んだ上場株式等の利益や配当は「合計所得金額」に含めません
源泉徴収なしの特定口座・一般口座の利益は見積額に入れる：20万円以下で申告しなくてよい場合でも、合計所得金額には含まれます
確定申告で株の利益を申告すると、基礎控除が減ることがある：令和8年分は合計所得金額が489万円を超えると、基礎控除が104万円から67万円に下がります
株の損失は給与と相殺できない：相殺できる相手は上場株式等の利益と配当（申告分離課税を選んだもの）だけで、年末調整ではなく確定申告で行います

あなたの状況	基礎控除申告書の見積額	年末調整で何かする？
特定口座（源泉徴収あり）だけで取引し、確定申告しない	株の利益は入れない	何もしない
特定口座（源泉徴収なし）・一般口座で利益が出た	株の利益を入れる	見積額に加えて提出（申告は別途）
NISA口座だけで取引している	入れない（非課税）	何もしない
株で損をした	損失は給与から引けない	何もしない（繰越すなら確定申告）
iDeCoの掛金を自分の口座から払っている	関係なし	控除証明書を保険料控除申告書と一緒に提出

出典：国税庁「給与所得者（従業員）の方へ（令和8年分）」、国税庁「確定申告の手引き用語の説明（利子所得・配当所得）」、国税庁タックスアンサーNo.1476「源泉徴収選択口座内の上場株式等の譲渡等」、国税庁タックスアンサーNo.1474「上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除」

年末調整で精算するのは「給与の税金」だけ

年末調整は、毎月の給与から天引きされた所得税を、1年分の給与と各種の控除で計算し直して過不足を精算する手続きです。国税庁は、年末調整の対象を勤務先に「扶養控除等申告書」を出している人とし、給与の収入金額が2,000万円を超える人などは対象外としています。

勤務先は、あなたの株の取引を知りません。証券会社から勤務先に情報が送られることもありません。そのため、株の利益や損失を年末調整に持ち込む仕組みがそもそもないのです。株の税金は、次のどちらかで完結します。

口座の種類	株の税金の納め方
特定口座（源泉徴収あり）	証券会社が売却や配当のたびに天引きする。確定申告しなくてよい
特定口座（源泉徴収なし）	自分で確定申告する（20万円ルールの対象になる場合あり）
一般口座	自分で損益を計算して確定申告する
NISA口座	非課税。申告もしない

口座ごとの違いは株の税金入門｜特定口座（源泉徴収あり）なら確定申告は不要？にまとめています。

基礎控除申告書の「所得の見積額」に株の利益を書くか

年末調整で基礎控除を受けるには、勤務先に「基礎控除申告書」を出します。ここに、その年1月1日から12月31日までの合計所得金額の見積額を書きます。国税庁は、年末調整を行う日の状況で見積もった1年分の合計所得金額で判定すると説明しています。

迷うのは、株の利益をこの見積額に入れるかどうかです。答えは口座の種類と、確定申告するかどうかで決まります。

入れないもの

特定口座（源泉徴収あり）の利益で、確定申告しないもの：国税庁の確定申告の手引きは、確定申告不要制度を選んだ配当等の金額は「合計所得金額」に含まないとしています。源泉徴収ありの特定口座では、口座ごとに申告するか・しないかを選べます（No.1476）
NISA口座の利益と配当：非課税なので所得に入りません

入れるもの

特定口座（源泉徴収なし）・一般口座の利益：申告分離課税の所得として合計所得金額に含まれます。20万円以下で確定申告がいらない人でも、所得そのものが消えるわけではない点に注意してください
源泉徴収ありの口座でも、確定申告する予定の利益：申告した時点で合計所得金額に入ります

源泉徴収ありの特定口座だけで取引していて、確定申告もしない人は、株の利益を見積額に書かなくて大丈夫です。迷ったら、まず自分の口座が「源泉徴収あり」かどうかを証券会社の画面で確認してください。

確定申告で株の利益を申告すると、基礎控除が減ることがある

ここが見落としやすい点です。令和8年分の基礎控除は、合計所得金額によって次のように変わります。

合計所得金額	基礎控除額
489万円以下	104万円
489万円超 655万円以下	67万円
655万円超 2,350万円以下	62万円
2,350万円超 2,400万円以下	48万円
2,400万円超 2,450万円以下	32万円
2,450万円超 2,500万円以下	16万円
2,500万円超	0円

出典：国税庁「給与所得者（従業員）の方へ（令和8年分）」。国税庁は、655万円以下の控除額は所得税法の基礎控除62万円に租税特別措置法の加算額を足したものと説明しています。

たとえば、給与所得（給与所得控除を引いたあとの金額）が470万円の会社員が、源泉徴収ありの特定口座で30万円の利益を出したとします。

ケース	合計所得金額	基礎控除
株の利益を確定申告しない	470万円	104万円
医療費控除のついでに株の利益も申告した	500万円	67万円

控除の差：104万円 − 67万円＝ 37万円
所得税率10%の人なら、所得税が約3.7万円増える計算（20%の人なら約7.4万円。復興特別所得税は含めていません）

30万円の利益には、すでに源泉徴収で税金がかかっています。申告しても、その30万円にかかる税金は基本的に変わりません。変わるのは基礎控除のほうです。医療費控除やふるさと納税（ワンストップ特例を使わない場合）で確定申告するときは、源泉徴収ありの口座の利益まで一緒に書く必要があるかを先に確認してください。ふるさと納税との関係はふるさと納税をしている会社員が株の利益で確定申告すると上限は変わる？で説明しています。

なお、配偶者控除の判定も同じ考え方です。令和8年分は、配偶者の合計所得金額が62万円以下なら配偶者控除、62万円を超え133万円以下なら配偶者特別控除の対象になると国税庁は案内しています。配偶者が源泉徴収ありの口座で利益を出し、確定申告しなければ、その利益は配偶者の合計所得金額に入りません。

上の表のうち655万円以下の人への加算（489万円以下は42万円、489万円超655万円以下は5万円）は、令和8年分と令和9年分だけの扱いです。令和10年分以後は、加算があるのは合計所得金額132万円以下の人（37万円を加算して99万円）だけになり、132万円を超え2,350万円以下の人の基礎控除は62万円になります（国税庁「令和8年分年末調整のしかた」昨年と比べて変わった点・2026年10月時点）。

株の損失は、給与と相殺できない

「今年は株で損をしたから、給与の税金を減らしてほしい」という希望は、残念ながら通りません。国税庁のNo.1474によると、上場株式等を売って出た損失と相殺（損益通算）できるのは、上場株式等の利益と、申告分離課税を選んだ上場株式等の配当・利子です。給与所得は相手に入っていません。

やりたいこと	できる？	手続き
株の損失を給与と相殺	できない	－
A証券の損失とB証券の利益を相殺	できる	確定申告
株の損失と配当を相殺	できる（申告分離課税を選ぶ）	確定申告（同じ源泉徴収口座内なら自動）
相殺しきれない損失を翌年以降に回す	できる（翌年以後3年間）	損失の年から毎年続けて確定申告
NISA口座の損失を相殺	できない	－

繰越控除を使うには、損失が出た年に付表を付けて確定申告し、その後も株を売らなかった年を含めて連続して確定申告する必要があります（No.1474）。年末調整を受けた会社員でも、翌年2月16日から3月15日の確定申告期間に自分で申告できます。詳しくは損益通算と繰越控除の基本を、年内にできる対策は年末の「損出し」とは？を参考にしてください。NISA口座の損失が相殺できない理由はNISAで損失が出たらどうなる？で説明しています。

年末調整で出すのは、株ではなくiDeCoの控除証明書

投資に関係するもので年末調整に出すのは、株の書類ではなくiDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金の証明書です。掛金を自分の銀行口座から払っている人は、国民年金基金連合会から秋ごろに届く「小規模企業共済等掛金払込証明書」を、保険料控除申告書と一緒に勤務先へ出します。給与天引きで払っている人は、勤務先が把握しているので不要です。

書類	年末調整で出す？
特定口座年間取引報告書	出さない（確定申告で使う）
配当金の支払通知書	出さない
iDeCoの小規模企業共済等掛金払込証明書（口座振替で払っている人）	出す
生命保険料・地震保険料の控除証明書	出す

特定口座年間取引報告書の読み方は特定口座年間取引報告書とは？で説明しています。

「税金が戻ります」という連絡には応じない

年末調整や確定申告の時期は、「株の税金の還付金があります」「手続きはATMでできます」といった電話やSMSが増えます。税務署や自治体が、ATMの操作を案内したり、SNSで証券口座の情報やマイナンバーを聞いたりすることはありません。山崎正義が300万円を失った頃から、「お金が戻る」という話は詐欺の入口として使われ続けています。心当たりのない連絡は、いったん切って、税務署や自治体の代表番号に自分でかけ直してください。

年末調整で書かなかった株の利益をあとから申告する必要があるかどうかや、申告しなかった場合に何が起きるかは、株や暗号資産の利益を申告しないと税務署にわかる？国税庁の最新調査データと、会社員が申告すべき場面で国税庁のデータとあわせて整理しています。