持っている株の会社が合併・株式交換されたらどうなる？受け取る株の数・1株未満の端数・税金の扱いを整理

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こんにちは、YAMAZAKI JOB MEDIA編集長の山崎正義です。副業詐欺で300万円の借金を背負い、そこから復活する過程で130件以上の案件を調査してきました。

結論から書きます。持っている株の会社が合併で消える会社（消滅会社）や、株式交換で完全子会社になる会社だった場合、あなたの株は原則として手続きなしで、相手の会社（存続会社・親会社）の株に置き換わります。何株もらえるかは、契約で決まる「合併比率」「株式交換比率」で決まります。計算で1株に満たない端数が出た分は、株ではなくお金（端数の売却代金）で受け取ります。株だけを受け取る場合、置き換わった時点では原則として税金はかからず、もとの株の取得価額がそのまま新しい株に引き継がれます。

山崎正義は、投資で一発逆転を狙って300万円を失った経験があります。当時は持っている株に関するお知らせが届いても、中身を読まずに捨てていました。この記事では、特定の銘柄を買うべきかどうかではなく、組織再編で持ち株が置き換わる流れそのものを、会社法・税法・取引所のルールに沿って整理します。現金で買い取られるTOB（株式公開買付け）や、上場廃止全般の流れは別の記事で扱っているので、ここでは「株が別の会社の株に置き換わる」場面に絞ります。

結論：合併・株式交換で持ち株に起きること

最初に全体像を表にまとめます。

項目	起きること
持っている株	効力発生日に、相手の会社の株に置き換わる（原則として手続き不要）
受け取る株の数	持ち株数 × 合併比率（株式交換比率）。比率は契約と適時開示で公表される
1株未満の端数	会社がまとめて売却し、その代金を端数に応じて受け取る
もとの会社の上場	効力発生日より前に上場廃止になる（売買できる最終日がある）
税金（株だけを受け取る場合）	置き換わった時点では原則として課税されない。取得価額は引き継ぎ
税金（お金も受け取る場合）	受け取ったお金の部分は、配当とみなされる部分や株の譲渡として課税されることがある

現金で株を買い取られるTOBとの違いを先に押さえておくと混乱しません。TOBの選択肢はTOB（株式公開買付け）とは？持っている株が対象になったときの3つの選択肢で整理しています。

合併と株式交換は何が違うか

どちらも「別の会社と一緒になる」手続きですが、会社が残るかどうかが違います。

手続き	会社はどうなるか	あなたの株はどうなるか	主な根拠
吸収合併	持っている株の会社（消滅会社）が解散し、権利義務は存続会社に引き継がれる	存続会社の株（またはお金など）に置き換わる	会社法第749条
株式交換	持っている株の会社は残るが、親会社の100％子会社（完全子会社）になる	親会社の株（またはお金など）に置き換わる	会社法第767条・第768条

吸収合併では、存続会社が消滅会社の株主に何を渡すか（株なら何株か、その計算方法）を合併契約で決めることになっています（e-Gov法令検索「会社法」第749条第1項第2号）。株式交換でも同じように、親会社が子会社の株主に渡すものを株式交換契約で決めます（同法第768条第1項）。

なお、あなたが存続会社や親会社のほうの株を持っている場合は、持ち株数は変わりません。会社全体の株数が増えて持ち株比率が下がることはありますが、置き換えは起きません。この記事は、消える側・子会社になる側の株を持っている人向けです。

受け取る株の数はどう決まるか：合併比率の計算

受け取る株の数は、持ち株数 × 比率で計算します。比率は「消滅会社の株1株につき、存続会社の株◯株」という形で公表されます。以下は計算の流れを見るための仮の数字です。

持ち株数（仮）	比率（仮）	計算	受け取る株	端数
100株	1株につき0.37株	100 × 0.37 = 37	37株	なし
150株	1株につき0.37株	150 × 0.37 = 55.5	55株	0.5株分はお金で受け取る
100株	1株につき1.8株	100 × 1.8 = 180	180株	なし

表の1行目のように、100株持っていても、受け取る株が100株未満になることがあります。日本株は多くの銘柄が100株単位で売買されるので、37株は「単元未満株」です。単元未満株は通常の市場では売れず、会社への買取請求や、単元未満株を扱う証券会社のサービスで売買することになります。会社法では、単元未満株の株主は会社に買い取るよう請求できると定められています（会社法第192条第1項）。単元未満株の扱いは単元未満株（ミニ株）とは？1株から買える仕組みと、使いどころ・注意点で整理しています。

比率は、合併や株式交換を決めた日の適時開示（「◯◯株式会社との合併契約締結に関するお知らせ」「株式交換契約締結に関するお知らせ」など）に書かれています。日本取引所グループの適時開示情報閲覧サービスで、会社名から無料で確認できます。

1株未満の端数はどうなるか

比率をかけた結果、1株に満たない端数が出ることがあります。この端数について、会社法は次の処理を定めています（会社法第234条）。

1. 株主ごとの端数を全員分合計する（合計にさらに1株未満の端数が出たら切り捨て）
2. 合計した数の株を、会社がまとめて売却する（市場価格のある株は、競売に代えて市場価格をもとに売却できる。会社自身が買い取ることもできる）
3. 売れた代金を、各株主の端数の割合に応じてお金で渡す

会社法第234条第1項は、この処理の対象として、存続会社が消滅会社の株主に株を渡す合併（第5号）と、株式交換で子会社の株主に親会社の株を渡す場面（第7号）を挙げています。売り方の特例は同条第2項、会社による買い取りは同条第4項です。

端数の代金が振り込まれるのは、効力発生日からしばらく後になるのが一般的です。代金の額や支払い時期は、会社から届く通知や会社のIRページで案内されます。山崎正義が強調したいのは、端数の代金は「おまけ」ではなく、あなたの株の一部を売った代金だという点です。次の税金の章とつながります。

上場はどうなるか：売買できる最終日に注意

合併で消える会社の株は、会社そのものがなくなるので上場を続けられません。株式交換で完全子会社になる会社も、株主が親会社だけになるので上場廃止になります。取引所の上場廃止基準（有価証券上場規程第601条第1項）の概要にも「完全子会社化」が項目として挙がっています（日本取引所グループ「上場廃止基準の概要」）。

段階	起きること	株主として確認すること
① 発表	合併・株式交換の契約締結を適時開示	比率、効力発生日、上場廃止の予定日
② 株主総会	契約の承認を決議（不要な場合もある）	議決権の行使、反対する場合の手続き
③ 整理銘柄	上場廃止が決まり、整理銘柄に指定される	売買できる最終日（売りたい場合はこの日まで）
④ 上場廃止	もとの会社の株は市場で売れなくなる	ここから効力発生日までは売買できない期間
⑤ 効力発生日	相手の会社の株に置き換わる	証券口座に新しい株が入っているか
⑥ その後	端数の代金の支払い	入金額と取引報告書

④と⑤の間は、どちらの株も手元で売れない期間になります。相手の会社の株を持つのが嫌な場合や、この期間の値動きを避けたい場合は、③の売買最終日までに市場で売るという選択肢があります。ただし、売れば普通の売却として税金の計算対象になります。上場廃止全般の流れは上場廃止になった株はどうなる？監理銘柄・整理銘柄の流れで整理しています。

反対する株主の「株式買取請求」

合併や株式交換に反対する株主は、会社に対して自分の株を「公正な価格」で買い取るよう請求できます（会社法第785条第1項）。ただし、株主総会の前に反対の意思を会社に通知し、総会でも反対するなど、決まった手順と期限があります。価格をめぐって裁判所の手続きになることもあり、時間がかかります。個人投資家にとっては、売買最終日までに市場で売るほうが現実的な場面が多いでしょう。株主総会での議決権の使い方は株主総会と議決権のきほんで解説しています。

税金はどうなるか

株だけを受け取る場合：その時点では課税されない

本来、株を手放して別のものを受け取ると「株を売った」のと同じ扱いになり得ます。しかし合併・株式交換では、相手の会社の株（またはその親会社の株）だけを受け取る場合、その時点では譲渡益に課税しない仕組みになっています。

場面	税金の扱い	根拠
合併で存続会社の株だけを受け取る	受け取った時点では、株の譲渡による収入とみなされない	租税特別措置法第37条の10第3項第1号
株式交換で親会社の株だけを受け取る	旧株の譲渡がなかったものとみなされる	所得税法第57条の4第1項
新しい株の取得価額	旧株の取得価額をもとに計算して引き継ぐ	所得税法施行令第112条（合併）・第167条の7（株式交換）

条文はe-Gov法令検索「租税特別措置法」とe-Gov法令検索「所得税法」で確認できます。どちらも、反対株主の買取請求の対価や、剰余金の配当として渡されたお金は、「株以外の資産」に数えないとされています。

ポイントは、課税がなくなるのではなく、先送りされることです。取得価額が引き継がれるので、将来その新しい株を売ったときに、もとの株を買った値段を基準に利益や損失を計算します。たとえば（仮の数字で）旧株100株を合計50万円で買い、比率0.37で37株を受け取った場合、37株の取得価額は合計50万円が基準になり、1株あたりの取得価額は大きくなります。

お金も受け取る場合：配当とみなされる部分が出ることがある

合併の対価として株とあわせてお金も受け取る場合などは、扱いが変わります。合併（税法上の「適格合併」を除く）で受け取ったお金や資産のうち、会社の資本金等の額に対応する部分を超える金額は、配当とみなされます（所得税法第25条第1項第1号、いわゆる「みなし配当」）。残りの部分は株の譲渡として計算します。適格かどうかは会社側の要件で決まり、株主が選ぶものではありません。会社が株主向けに「税務上の取扱い」を案内していることが多いので、まずそれを確認してください。

端数の代金：株の一部を売ったものとして扱う

端数の代金は、原則として合併の対価として現金を渡したものとは扱われません。国税庁の法人税基本通達1-4-2は、端数分の株を売った代金として交付された金銭は、株主にその端数分の株を渡したことになると整理しています（実質的に合併の対価と認められる場合を除く）（国税庁「法人税基本通達 第1章第4節」）。個人の株主から見ると、いったん受け取った端数分の株を売ったことになり、株の譲渡として損益を計算します。会社法第234条第4項による会社の買い取りは、配当とみなす対象から外されています（e-Gov法令検索「所得税法施行令」第61条第1項第9号）。

金額は小さいことが多いものの、引き継いだ取得価額のうち端数分の割合が差し引かれて計算されます。特定口座（源泉徴収あり）で持っていた場合に、端数の代金が自動で計算に入るかどうかは証券会社によって扱いが異なることがあります。年明けに届く特定口座年間取引報告書に載っているかを確認してください。

なお、NISA口座で持っていた株が合併・株式交換で置き換わった場合の扱いも、口座のある証券会社の案内で確認してください。

株主として確認しておく5つのこと

順番	確認すること	見る場所
1	比率（自分が何株受け取るか）と、単元未満株になるか	適時開示
2	効力発生日と、もとの株の売買最終日	適時開示・取引所の整理銘柄の公表
3	株以外にお金を受け取るか、税務上の取扱い	会社の株主向け案内
4	株主優待・配当の扱い（どちらの会社の制度が適用されるか）	両社のIRページ
5	自分がその株を持った理由が変わったかどうか	自分のメモ

4番目は見落としがちです。もとの会社の株主優待は、会社がなくなれば原則として続きません。受け取った相手の会社の株主優待の条件（保有株数・継続保有期間）を満たすかは、改めて確認が必要です。継続保有の条件については株主優待の長期保有条件とは？株主番号が変わるのはどんなときも参考にしてください。

会社員が気をつけたいこと：インサイダー取引と「合併前情報」の勧誘

合併や株式交換を行うことの決定は、インサイダー取引規制の「重要事実」に当たります（e-Gov法令検索「金融商品取引法」第166条第2項第1号）。勤め先や取引先の合併の話を仕事で発表前に知った場合は、公表されるまで関係する会社の株を売買してはいけません。詳しくは取引先や自社の株を買うとインサイダー取引になる？会社員が知っておく「重要事実」で整理しています。

SNSや投資グループで「来月合併が発表される銘柄を教える」「比率が有利な合併の情報がある」といった勧誘を見かけたら、乗ってはいけません。本当に発表前の情報なら売買自体がインサイダー取引になり得ますし、でたらめなら「特別な情報」を餌に会費や資金を集める詐欺の典型です。手口と確認方法は投資詐欺の典型手口と見分け方と、無登録業者の見分け方で解説しています。

よくある質問（FAQ）

Q1. 合併・株式交換で株が置き換わるとき、自分で手続きは必要ですか？

A. 原則として不要です。効力発生日に、証券口座の中で相手の会社の株に置き換わります。反対して買取請求をしたい場合や、売買最終日までに市場で売りたい場合だけ、自分で動く必要があります。

Q2. 合併の発表後、株は売ったほうがいいですか？

A. この記事では売買の判断はお伝えできません。比率・効力発生日・相手の会社の事業内容を開示資料で確認し、自分がその株を持った理由が変わったかどうかで考えてください。売る場合は、売買最終日を過ぎると市場では売れなくなる点に注意してください。

Q3. 端数の代金にも税金はかかりますか？

A. 端数分の株を売ったものとして、株の譲渡の損益を計算します。引き継いだ取得価額のうち端数分の割合と比べて利益が出れば課税の対象になり、損失なら他の株の利益と損益通算できます。特定口座で自動計算されるかは証券会社の取引報告書で確認してください。

Q4. 受け取った株が100株未満になったらどうすればいいですか？

A. 単元未満株として持ち続けることも、会社に買い取りを請求することも、単元未満株を扱う証券会社のサービスで売買することもできます。会社によっては、100株にそろえるための買い増し請求ができる場合もあります（定款で定めている場合）。

Q5. 存続会社のほうの株を持っている場合はどうなりますか？

A. 持ち株数はそのままで、置き換えは起きません。ただし、合併で新しく株が発行されると会社全体の株数が増え、持ち株比率や1株あたりの指標が変わることがあります。

まとめ

• 消える会社・完全子会社になる会社の株は、効力発生日に相手の会社の株へ原則として自動で置き換わる
• 受け取る株の数は持ち株数 × 比率。100株持っていても単元未満株になることがある
• 1株未満の端数は会社がまとめて売り、代金をお金で受け取る。税務上は株の一部を売ったものとして扱う
• 株だけを受け取るなら、その時点では課税されず取得価額を引き継ぐ（課税の先送り）
• もとの株は効力発生日より前に上場廃止になる。売りたい場合は売買最終日を確認する
• 発表前の合併情報を売買に使えばインサイダー取引になり得る。「合併前の銘柄を教える」勧誘には乗らない

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• ① 消費者ホットライン：188（いやや！）
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